Según un estudio realizado por el Instituto Español de OceanografÃa (IEO) y la Asociación de Naturalistas del Sureste (ANSE) para determinar la cartografÃa, estado de salud y evolución de las praderas marinas de la laguna costera del  Mar Menor, en particular de las praderas sumergidas de la angiosperma marina Cymodocea nodosa, uno de los hábitats más representativos y de mayor importancia ecológica de este singular ecosistema marino costero.
Los trabajos desarrollados durante 2016, comparados con la cartografÃa de 2014, permiten cuantificar la pérdida de las praderas marinas del Mar Menor en un 85 %.
En una primera etapa del proyecto, realizada a lo largo de 2014, se realizó una cartografÃa altamente detallada y precisa de la distribución de las diferentes comunidades de macrófitos bentónicos presentes en la laguna, a partir de la cual se determinó que en el Mar Menor existÃan un total de 13.780 hectáreas de praderas marinas de Cymodocea nodosa, Ruppia cirrhosa y Caulerpa prolifera. De esta superficie, aproximadamente el 60% correspondÃa a praderas de la angiosperma marina Cymodocea nodosa con desarrollos muy elevados, tanto en las zonas someras como en las zonas más profundas de la laguna. Este resultado contrastaba con resultados de estudios anteriores que consideraban que la superficie de estas praderas se habÃa reducido a niveles muy bajos, casi despreciables. Se confirmaba, por tanto, que la extensión de este importante hábitat era mayor de la que se pensaba y que su papel en el funcionamiento del ecosistema lagunar es muy importante.
En una fase posterior del proyecto, se analizaron aspectos más especÃficos de las praderas de Cymodocea nodosa para determinar su estado de salud y la relación del mismo con las numerosas e intensas presiones de la actividad humana que actúan a lo largo de la rivera lagunar. Asà pues se han analizado el contenido en metales pesados, relacionado con el impacto histórico que la actividad minera ha tenido sobre la laguna o con la actividad portuaria y náutica. También se han analizado el contenido en nitrógeno y fósforo de los tejidos de la vegetación submarina, relacionados con los vertidos de la agricultura y de las aguas residuales urbanas que drenan hacia el Mar Menor a través de ramblas y núcleos urbanos. Análisis realizados con isótopos estables del nitrógeno ponen en evidencia claramente la influencia de estos vertidos sobre las praderas marinas y, en consecuencia, afecta negativamente al estado de conservación del hábitat marino. Para poder relacionar todos estos aspectos con la actividad humana se ha realizado una base de datos georreferenciada y exhaustiva de todas las presiones de la actividad humana presentes en el Mar Menor, tanto puntuales y locales (puertos, playas artificiales, etc.) como difusas (vertidos y aportes terrÃgenos en general).
A partir de la segunda mitad de 2015, las aguas del Mar Menor experimentaron un drástico cambio en su calidad debido a una proliferación masiva de fitoplancton, que hizo que sus aguas se tornaran verdes y extremadamente turbias. Desde entonces esta situación se ha mantenido dando lugar a una considerable reducción de la luz en el fondo de la laguna, capaz de impedir la fotosÃntesis de las praderas marinas, amenazando su supervivencia. Para comprobar esta hipótesis el equipo formado por investigadores del IEO y de ANSE se han sumergido de nuevo en la laguna entre septiembre y octubre de 2016, empleando los mismos lugares de medición y metodologÃas que se emplearon para confeccionar el mapa de vegetación de 2014. Como resultado se ha comprobado que se ha perdido un 85% de la extensión inicial de praderas marinas del Mar Menor y que el 15% restante se concentra en las partes más someras e iluminadas de la laguna, a profundidades superiores a los 2-3 metros.