En 1999 varios prestigiosos botánicos del CSIC y de la Universidad de Valencia realizaron un estudio de la flora de los tres parques naturales del sur de Alicante, las salinas de Santa Pola, El Hondo y las lagunas de La Mata – Torrevieja por encargo de la Consellería de Medio Ambiente. Este amplio estudio ofreció una imagen pormenorizada de la diversidad botánica y de su estado de conservación en estos humedales.
Casi 20 años después, en 2017, el Servicio de Vida Silvestre realizó un estudio con el objetivo de conocer la distribución y la evolución de los macrófitos acuáticos observados en algunos parajes del P.N. de El Hondo con el fin de poder comparar la evolución de estas comunidades vegetales desde 1999. Recordemos que la presencia de estas especies vegetales son cruciales para sostener el ecosistema acuático y la diversidad de especies faunísticas asociadas a éste.
Las conclusiones son demoledoras, los investigadores del Servicio de Vida Silvestre detectaron una significativa perdida de cobertura vegetal con respecto a 1999, pasando en algunas zonas, como la charca Sur de Poniente, de un 80% de cobertura a menos del 1%. En cuanto al estado de las plantas acuáticas encontradas en el muestreo de 2017, «(…) están en un estado lamentable de desarrollo y crecimiento. Son ejemplares frágiles, pobres en hojas, decolorados, cubiertos de materia orgánica en descomposición, incluso con desarrollo de aguas filamentosas en los mismos».
En el estudio, los botánicos del Servicio de Vida Silvestre identifican las zonas que más han sufrido el deterioro y que 1999 algunas fueron calificadas por los investigadores del CSIC y de la UV como un punto singular de especial conservación de vegetación subacuática en buen estado de conservación, como la charca sur de Poniente, recordando que:
«Ya en 1999 se recomendó realizar una buena gestión del agua del humedal para evitar su declive y deterioro en un sistema que se intuía se haría eutrófico. Se señaló el gran valor ecológico del mismo gracias a las especies de macrófitos singulares y característicos de aguas salobres, raros y que conforman el saladar húmedo. Se valoró la conservación de las comunidades helófitas y de ribera para el refugio y protección de las aves acuáticas y de las comunidades acuáticas para mantener su fuente de alimentación».
El informe de este trabajo fue redactado en junio de 2018, durante la peor temporada de reproducción de aves acuáticas registrada en El Hondo. En sus recomendaciones los botánicos de la Consellería recordaban la importancia de la cantidad y la calidad del agua, así como realizar alguna gestión sobre las poblaciones de peces, destacando la gran biomasa de carpas acumuladas.
La degradación de los ecosistemas acuáticos del Parque Natural de El Hondo está teniendo una consecuencias dramáticas para la avifauna, en especial a las especies catalogadas en Peligro de Extinción que tienen a este humedal como uno de sus últimos refugios en Europa.